Die Wahrheit von der Barmherzigkeit Gottes, die das Leitmotiv des Pontifikats von Johannes Paul II. war, verkündete er am Anfang seines Pontifikats in der Enzyklika Dives in misericordia ("Über das göttliche Erbarmen" - 1981). Dieses päpstliche Dokument ist – neben der Enzyklika Redemptor hominis ("Der Erlöser des Menschen" - 1978) und Dominum et vivificantem ("Über den heiligen Geist im Leben der Kirche und der Welt" - 1983) ein Teil der großen dogmatischen Trilogie, in der der Papst zu dem Menschen von heute über Gott spricht, der sich ihm als die Heilige Dreifaltigkeit offenbart – der Vater, der Sohn und der Heilige Geist. Barmherzigkeit ist also ein Schlüssel, um das Geheimnis von Gott und dem Menschen zu verstehen. Sie ist ein charakteristischer Zug Gottes, der sich in der Heilsgeschichte offenbart. Ebenso ist sie das Hauptthema der Lehre Christi. Die Barmherzigkeit Gottes wurde am vollkommensten im Paschamysterium, in seinem Kreuzestod und seiner Auferstehung offenbar. Sie ist gleichzeitig auch eine besondere Chance für den Menschen, denn durch sie kann er die Nähe Gottes, der barmherzig ist, erfahren.

Am 2. Ostersonntag (den 18. April 1993) während der Seligsprechung von Schwester Faustina Kowalska in Rom betonte Johannes Paul II., dass das Geheimnis der Barmherzigkeit, das Gott durch die demütige Ordensfrau aus Polen der ganzen Welt übermittelte, "ein prophetischer Ruf für die Welt" war. Für die ganze Menschheit, die durch schreckliche Kriege gequält war, wurde die Botschaft der Barmherzigkeit zum Zeichen der Hoffnung, das unsere Aufmerksamkeit auf Gott lenkt, der dem Menschen mit seiner Liebe und der Möglichkeit der geistigen Erneuerung beschenkt. 

Die Heiligsprechung von Schwester Faustina Kowalska, die am 30. April 2000 in Rom stattfand, ist außerordentlich bedeutsam, denn durch diese Geste wollte Johannes Paul II. der ganzen Welt die Botschaft der Barmherzigkeit als eine Brücke übermitteln, die die 2000 Jahre Christentum mit dem neuen Jahrtausend verbindet. Er erinnerte auch daran, dass das göttliche Erbarmen eine außergewöhnliche Chance der Erneuerung der ganzen Menschheit ist: "Die Menschheit wird keinen Frieden finden, solange sie sich nicht mit Vertrauen an Meine Barmherzigkeit wendet« (TB 699). Die Botschaft der Barmherzigkeit lässt uns das Evangelium der Barmherzigkeit neu lesen. In ihrem Licht erfährt der Mensch Barmherzigkeit nicht nur, indem er sie von Gott annimmt, sondern er ist auch dazu befähigt, sie mit anderen zu teilen (DM 14). 

Johannes Paul II. erklärte den 2. Ostersonntag zum "Sonntag der Barmherzigkeit" und sagte, dass die Barmherzigkeit eine große Chance ist " das wahre Antlitz Gottes und das wahre Antlitz der Brüder immer besser zu erkennen" (Heiligsprechungspredigt, 5). Die Botschaft der Barmherzigkeit ist gleichzeitig eine Botschaft vom Wert und der Würde eines jeden Menschen, für den Christus sein Leben hingegeben hat. 

In seiner Predigt während der Heiligsprechung von Schwester Faustina sagte Johannes Paul II., dass die in der Kirche von Anfang an verkündigte und von Schwester Faustina neu übermittelte Botschaft der Barmherzigkeit heute ein Teil der Erfahrung eines jeden Menschen wird, der in verschiedenen Ideologien und Gedanken des XX. und XXI. Jahrhunderts verwirrt ist. Im Geheimnis der Barmherzigkeit Gottes findet jeder Christ das wahre Antlitz Gottes, der dem Menschen immer nahe ist, und das wahre Antlitz des Menschen, der Barmherzigkeit braucht, aber auch bereit ist, sie zu erweisen. Der Heilige Vater greift dieses Thema oft auf, z.B. als er sich gegen die „Theologie des Todes Gottes“ äußerte, oder auch als er die Fehler der zeitgenössischen totalitären Systeme zeigte, die Gott aus der menschlichen Geschichte beseitigen wollen. 

Während der Weihe der Basilika der Barmherzigkeit Gottes in Krakau sagte Johannes Paul II. noch einmal, dass die Welt von heute die große Barmherzigkeit Gottes dringend braucht und gleichzeitig stellte er die Kirche vor die Aufgabe, der Welt das Geheimnis der Barmherzigkeit näher zu bringen: "In diesem Heiligtum möchte ich daher heute die Welt feierlich der Barmherzigkeit Gottes weihen mit dem innigen Wunsch, dass die Botschaft von der erbarmenden Liebe Gottes, die hier durch Schwester Faustina verkündet wurde, alle Menschen der Erde erreichen und ihre Herzen mit Hoffnung erfüllen möge. Jene Botschaft möge, von diesem Ort ausgehend, überall in unserer geliebten Heimat und in der Welt Verbreitung finden. Möge sich die Verheißung des Herrn Jesus Christus erfüllen: Von hier wird »ein Funke hervorgehen, der die Welt auf Mein endgültiges Kommen vorbereitet« (vgl. Tagebuch 1732). Diesen Funken der Gnade Gottes müssen wir entfachen und dieses Feuer des Erbarmens an die Welt weitergeben. Im Erbarmen Gottes wird die Welt Frieden und der Mensch Glückseligkeit finden! Euch, lieben Brüdern und Schwestern der Kirche in Krakau und Polen und allen, die die Barmherzigkeit Gottes verehren und aus Polen und der ganzen Welt diesen Ort aufsuchen, vertraue ich diese Aufgabe an". 

Das Thema der Barmherzigkeit wurde in der Lehre von Johannes Paul II. erneut als „Phantasie der Nächstenliebe" in seinem Apostolischen Schreiben Novo millennio ineunte hervorgehoben, das zum Anfang des neuen Jahrtausends des Christentums veröffentlicht wurde (am 6. Januar 2001). Der Papst schrieb von der Phantasie der Nächstenliebe im Hinblick auf das sich vereinigende Europa. Dieses Problem wurde auch zum Hauptthema der Bischofsynode im Oktober 1999, die dem Großen Jubiläum des Jahres 2000 vorausging. Das Ergebnis der Synodalarbeiten war das Apostolische Schreiben Ecclesia in Europa (vom 28. Juni 2003). Dieses Schreiben scheint einige neue Gedanken zu beinhalten, die die ganze päpstliche Lehre umfassen und eine Verbindung zur Wahrheit vom Gott des Erbarmens sind. Die Frage nach der Barmherzigkeit Gottes in der Lehre von Johannes Paul II. verlangt eine weitere Erörterung des Geheimnisses Gottes, der sich sowohl im Alten als auch im Neuen Testament offenbart, und der in seiner Natur barmherzig ist. Der Papst stellt auf eine ungewöhnliche Weise den sich in der Heilsgeschichte als barmherzigen Vater offenbarenden Gott vor. Das Geheimnis der Barmherzigkeit lässt den Menschen sich selbst verstehen und seine Berufung realisieren. Gleichzeitig wird er sich dessen bewusst, dass er die Barmherzigkeit unaufhörlich braucht, aber auch dazu fähig ist, sie den Nächsten gegenüber zu erweisen. Diese Gedanken des Papstes lenken unsere Aufmerksamkeit auf das Geheimnis des seine Barmherzigkeit im Alten Testament offenbarenden Gottes und auf Christus, der im Neuen Testament die vollkommene Offenbarung der Barmherzigkeit ist, sowie auf die verschiedenen Möglichkeiten, nach denen die Nachfolger Christi die Barmherzigkeit heute leben können."