W dolnej części Bazyliki Bożego Miłosierdzia znajduje się pięć Kaplic:

• Kaplica św. Siostry Faustyny

• Kaplica Świętych Obcowania
• Kaplica Matki Bożej Bolesnej
• Kaplica Grekokatolicka św. Andrzeja Apostoła
• Kaplica Krzyża Świętego

• Kaplica Wieczystej Adoracji

Przed kaplicami organizowane są wystawy i projekcje filmów na dwóch ekranach.