Il Santuario era situato inizialmente nell’edificio del convento della Congregazione delle Suore della Beata Vergine Maria della Misericordia, fondato nel 1891 dal principe A. Lubomirski per le ragazze e le donne bisognose di un profondo rinnovamento morale.
Nel periodo tra le due guerre mondiali, visse e morì in questo convento suor Maria Faustina Kowalska (1905-1938); per mezzo della quale Cristo Signore ha trasmesso alla Chiesa e al mondo il messaggio della Divina Misericordia. Esso ci avvicina al mistero della Divina Misericordia, ci richiama alla fiducia in Dio e ad un attegiamento di carità verso il prossimo, come pure all’annuncio e all’implorazione della Divina Misericordia per il mondo, attraverso le varie pratiche delle nuove forme di culto: la venerazione dell’immagine di Gesù Misericordioso, la celebrazione della festa della Divina Misericordia, l’ora della Misericordia e la coroncina alla Divina Misericordia .
Nel 1943 il confessore di suor Faustina, padre J. Andrasz S.I. di Cracovia, ha benedetto il quadro di Gesù Misericordioso, dipinto da A. Hyła che fu offerto in ringraziamento per la liberazione della famiglia dai pericoli della guerra. Così ebbe inizio la devozione alla Divina Misericordia. Presto si diffuse la fama del quadro, per le grazie avvenute, e in breve tempo aumentò il numero dei pellegrini, i quali visitavano anche la tomba di suor Faustina morta in concetto di santità.
L’occasione della beatificazione di suor Faustina (18 aprile 1993), della sua canonizzazione (30 aprile 2000) e i pellegrinaggi del Santo Padre Giovanni Paolo II a Łagiewniki (1997 e 2002) hanno sviluppato rapidamente il culto alla Divina Misericordia. Tutto questo ha richiesto la costruzione di una nuova chiesa – Basilica, consacrata solennemente da Giovanni Paolo II, il 17 agosto 2002. In questo luogo, per questa occasione il Papa affidò tutto il mondo alla Divina Misericordia.