Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach dekretem Metropolity Krakowskiego ks. kard. Franciszka Macharskiego w dniu 28 września 2002 roku zostało ustanowione Rektoratem. Rektorem (kustoszem) Rektoratu Sanktuarium Bożego Miłosierdzia został mianowany ks. Infułat Jan Zając (obecnie biskup). Zastępcami Rektora Sanktuarium zostali mianowani z dniem 25 marca 2003 roku Ks. Prałat Marian Rapacz - Prezes Fundacji Sanktuarium Miłosierdzia Bożego oraz Ks. dr Franciszek Ślusarczyk, dotychczasowy wicerektor Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej.

Rektorat działa na podstawie osobnego statutu Kościoła Rektoralnego, zatwierdzonego przez Metropolitę Krakowskiego. Działalność Rektoratu obejmuje Bazylikę Bożego Miłosierdzia, nowe zabudowania oraz kaplicę klasztorną. Podczas swej pielgrzymki do Polski oraz konsekracji nowej świątyni w dniu 17 sierpnia 2002 roku, Ojciec Święty Jan Paweł II troskę o duchowy i materialny kształt tego Sanktuarium powierzył Ks. Kardynałowi Franciszkowi Macharskiemu i całej Archidiecezji Krakowskiej oraz Zgromadzeniu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia.

Sanktuarium w Łagiewnikach jest światowym centrum kultu Miłosierdzia Bożego dla pielgrzymów z Polski i innych krajów świata. Do głównych zadań tego miejsca - w myśl Statutu - należy duszpasterstwo pielgrzymkowe, wyrażające się głoszeniem Słowa Bożego, sprawowaniem sakramentów świętych, w szczególności Eucharystii i Pokuty, a także umożliwianie zyskiwania odpustów i pielęgnowanie różnych form pobożności ludowej. Od wielu lat misję głoszenia Orędzia Bożego Miłosierdzia wypełniają Siostry Matki Bożej Miłosierdzia przez nieustanną modlitwę; przez słowo w formie prelekcji, wydawanie kwartalnika Orędzie Miłosierdzia, wydawnictwo Misericordia, prowadzenie korespondencji z czcicielami z różnych krajów świata, formację apostołów Bożego Miłosierdzia w Stowarzyszeniu Faustinum, oraz czyn - pomoc potrzebującym i prowadzenie Młodzieżowego Ośrodka Wychowawczego.

Pomocą dla osób przeżywających swoje problemy służą specjalistyczne poradnie dotyczące: trzeźwości, życia rodzinnego i problemów religijno-moralnych. W Sanktuarium dla licznie przybywających pielgrzymów prowadzona jest stała formacja do praktykowania miłości miłosiernej. Do tej współpracy włącza się duże grono wolontariuszy, gotowych do podjęcia różnych form posługi oraz zespół kapłanów diecezjalnych i zakonnych, którzy pełnią całodzienną posługę miłosierdzia w konfesjonale.

W ramach Rektoratu działa Dom Duszpasterski z salą konferencyjną i zapleczem hotelowo-gastronomicznym oraz pasażem handlowym dla pielgrzymów nawiedzających Sanktuarium. Działalność Rektoratu nadal wspiera Fundacja Sanktuarium Bożego Miłosierdzia, która kontynuuje rozpoczęte prace inwestycyjne, związane między innymi z wyposażeniem nowej świątyni oraz wykańczaniem kolejnych kaplic w dolnej części Bazyliki Miłosierdzia Bożego.

Wszystkie duszpasterskie działania Rektoratu, przy współpracy prawdziwych apostołów Jezusa Miłosiernego, mają służyć wielkiej tajemnicy Miłosierdzia Bożego, którego współczesny świat najbardziej potrzebuje.

• REKTOR