Tout au début le Sanctuaire se trouvait dans le complexe du monastère des Sœurs de la congrégation de Notre-Dame de la Miséricorde. Construit en 1891, comme fondation du prince A. Lubomirski, destinée aux filles et aux femmes en besoin d’un profond renouvellement morale.
Sœur M.Faustyna Kowalska (1905-1938) a vécu dans ce monastère dans la période entre deux guerres mondiales. Par elle le Christ a transmis le message de la miséricorde destiné à l’Eglise et au monde entier.
Ce message approche le mystère de la miséricorde Divine, appelle à la confiance en Dieu et à l’attitude de la miséricorde envers les prochains. Il appelle aussi à prêcher la miséricorde de Dieu et à demander cette miséricorde pour le monde entier par de nouvelles formes de la pratique du culte de la miséricorde, c’est-à-dire le culte du tableau représentant Jésus Miséricordieux, la fête de la Miséricorde Divine, la prière à la Miséricorde et l’heure de Miséricorde.
En 1943, le confesseur de sœur Faustyna Kowalska père J. Andrasz SI a bénit le premier tableau, peint par A. Hyła , représentant Jésus Miséricordieux. Ce tableau est une offrande votive à Dieu pour avoir sauvé la famille des événements de la guerre. Père J. Andrasz a initié aussi les offices solennelles vénérant la Miséricorde Divine.
L’image de Jésus Miséricordieux est vite devenu célèbre comme émanant de grâces multiples, c’est pourquoi, d’année en année, le nombre de pèlerins, qui visitent aussi le tombeau de sœur Faustyna morte dans l’opinion de la sainteté, a augmenté.
Un très dynamique épanouissement du culte de la miséricorde Divine a eu lieu après la béatification de sœur Faustyna le 18 avril 1993 et ensuite après sa canonisation qui a eu lieu le 30 avril 2000.
Cet épanouissement du culte est dû aussi aux pèlerinages de Jean Paul II à Łagiewniki en 1997 et en 2002. Cela a entraîné les travaux ayant pour but l’agrandissement du Sanctuaire : entre outre la construction d’une nouvelle église-basilique qui a été consacré le 17 août 2002 par Pierre de nos jours. Dans ce lieu même, le Pape a confié le monde entier à la miséricorde Divine.