El Santuario está situado en el edificio del convento de las Hermanas de Nuestra Señora de la Misericordia, fundado en 1891 por el príncipe A. Lubomirski para las niñas y las mujeres que necesitaban una profunda renovación moral.
En el período de entreguerras en este monasterio vivió y murió Sor M. Faustina Kowalska (1905-1938), por la cual Cristo, el Señor dio a la Iglesia y al mundo el mensaje de la misericordia de Dios. El mensaje arroja luz sobre el misterio de la Divina Misericordia, pide por la confianza en Dios y la actitud de Misericordia hacia el prójimo. Llama a proclamar y orar por la Divina Misericordia para el mundo, incluyendo la práctica de nuevas formas del culto (la imagen de Jesús Misericordioso, la fiesta de la Divina Misericordia, Coronilla de la Divina Misericordia y la hora de la Misericordia).
En 1943, el confesor de Sor Faustina, padre J. Andrasz, bendijo por primera vez la imagen de Jesús Misericordioso, pintado por A. Hyła, ofrecido como un voto para la salvación de su familia de los accidentes de la guerra, e inició misas solemnes en honor de la Divina Misericordia. La imagen rápidamente se hizo famosa por los milagros, porque año tras año, aumentaba el número de peregrinos que visitaban la tumba de Sor Faustina difunta en el dictamen de la santidad.
La devoción a la Divina Misericordia creció muy rápidamente después de la beatificación (18 de abril de 1993) y canonización (30 de abril de 2000) de Sor Faustina y también debido a las peregrinaciones del Papa Juan Pablo II a Lagiewniki (1997 y 2002). Esto originó la expansión del santuario, entre otros, la construcción de la nueva Basílica, consagrada el 17 de agosto 2002 por el Pedro de nuestros tiempos. Este fue el lugar donde el Papa Juan Pablo II encomendó solemnemente el mundo a la Divina Misericordia.